Omdat scheepspartijen vanaf de Duitse rivieren en vanaf de Donau steeds groter worden, is ruimte voor grote schepen belangrijk. In de haven van Wageningen kunnen schepen met een lengte tot 135 meter worden gelost (grotere lengten in overleg met de havendienst). In 2005 is de haven uitgebaggerd, waardoor schepen met een diepgang van ongeveer 4 meter bij een normale waterstand in de haven kunnen afmeren. Ook coasters ondervinden geen beperkingen in de Wageningse haven, maar dienen wel rekening te houden met de maximale afmetingen op de vaarwegen.
Rijnzate voldoet aan hetgeen is gesteld in de haven-beveiligingswet voor zeegaande vaartuigen.